2016年4月20日，David Liu（刘如谦）等人在 Nature 发表论文，在 J. Keith Joung 研究的基础上首次开发出了单碱基编辑器，可将G•C碱基对转换成T•A 碱基对，宣告了基于CRISPR的DNA单碱基编辑技术的正式诞生。

单碱基编辑技术，与CRISPR/Cas9相比，能更加微妙精细的修改DNA。这对于治疗众多的单碱基遗传病来说具有巨大的优势，而且潜在风险也更小。因此单碱基编辑器的出现，给基因编辑领域带来了巨大的惊喜。

但是2019年，单碱基编辑工具的安全性受到了质疑，杨辉团队、高彩霞团队背靠背在 Science 杂志发表论文，首次发现胞嘧啶单碱基编辑系统存在严重脱靶效应（中国团队证实CRISPR单碱基编辑存在严重脱靶效应，医疗应用前景堪忧）

接着J. Keith Joung团队在Nature发表论文，表明单碱基编辑的脱靶效应比想象中还要严重，它不仅会导致DNA突变，还会导致大量RNA突变。（创始人自曝CRISPR单碱基编辑竟会导致大量RNA突变，单碱基编辑的脱靶效应比想象中还要严重）

此后，单碱基编辑奠基人David Liu先后发表多篇论文，改进单碱基编辑系统，降低其对RNA的编辑活性（CRISPR单碱基编辑创始人David Liu升级ABE单碱基编辑器，不再担心意外的RNA编辑活性）

虽然这些研究通过引入突变的方式显著降低了RNA的脱靶，但是胞嘧啶单碱基编辑器的DNA脱靶依然没有得到解决。

2020年5月18日，中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心杨辉研究组、中国科学院上海营养与健康研究所隶属于的计算生物学研究所（中国科学院-马普学会计算生物学研究所）李亦学研究组和中国农业科学院深圳农业基因组研究所左二伟研究组合作，在 Nature Methods 杂志上在线发表了题为：A rationally engineered cytosine base editor retains high on-target activity while reducing both DNA and RNA off-target effects 的研究论文。

该研究根据蛋白结构预测了脱氨酶ssDNA结合的重要氨基酸，在不影响催化活性的情况下，突变相应的氨基酸（APOBEC1上的ssDNA结构域相应氨基酸），从而得到了显著降低DNA脱靶的CBE突变体。

据悉，该项工作由中国农业科学院深圳农业基因组研究所左二伟研究员，中科院分子细胞卓越创新中心孙怡迪博士，中国农业科学院深圳农业基因组研究所助理研究员袁堂龙，中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心贺冰冰和周昌阳博士等，在神经所杨辉研究员, 马普计算生物学研究所李亦学研究员和中国农业科学院深圳农业基因组研究所左二伟研究员指导下完成。